В июле 2009 компания FlyPay запустила новый сервис - Merchant.FlyPay. Новинка позволяет продавцам интернет-магазинов принимать платежи от клиентов прямо на своем сайте. Благодаря сервису Merchant.FlyPay клиенту больше не придется покидать магазин для оплаты выбранного товара или услугу.
Чтобы начать работу с сервисом сайту-магазину необходимо зарегистрироваться в системе "" и разместить форму на сайте. Прием платежей можно начинать сразу. Клиенту магазина не нужно будет регистрироваться в системе "FlyPay" или переходить на страницу "FlyPay" для оплаты. При этом пользователь может выбрать способ оплаты, проконсультироваться в службе поддержки, найти пункты оплаты или посмотреть историю проведенных платежей.
Подключение к Merchant.FlyPay бесплатно, абонентская плата отсутствует. Комиссия в 5% взимается только за совершенные платежи. Перечисление собранной выручки происходит еженедельно в любой удобной валюте (рубли, доллар, евро, гривна).